분자 도킹 연구 슈뢰딩거 모음곡 LigPrep을 이용하여 Epik을 통해 양성자화 상태를 예측하고, 목표 생리적 pH인 7.0 ± 2.0에서 표적 천연 화합물의 다양한 입체 이성질체와 가능한 이온화 상태를 생성했습니다. 입체 이성질체는 유지하고, 저에너지 고리형 입체 이성질체를 샘플링했습니다. F 단백질 구조는 Protein Preparation Wizard를 사용하여 준비했으며, 이 과정에는 결합 차수 지정, 누락된 수소 원자 및 측쇄 추가, OPLS3e 힘장을 사용한 에너지 최소화가 포함되었습니다. 도킹을 위해 Grid Generation을 사용하여 표적 결합 부위 주변에 수용체 그리드를 생성했으며, 내부 상자는 10 Å × 10 Å × 10 Å, 외부 상자는 활성 부위 영역을 포함하도록 30 Å × 30 Å × 30 Å로 설정했습니다. 도킹은 Glide를 사용하여 표준 정밀도(SP) 및 초정밀(XP) 모드 모두에서 수행했습니다. 기본 도킹 매개변수를 사용했으며, 유연한 리간드 샘플링과 도킹 후 최소화를 적용했습니다. 도킹 점수, 결합 자세 및 2D/3D 상호 작용 다이어그램을 분석하여 화합물과 F 단백질 간의 주요 분자 상호 작용을 식별했습니다[ 23 ]. 2.4 분자 동역학 시뮬레이션 2.4.1 슈뢰딩거 데스몬드 XP 도킹에서 가장 높은 점수를 받은 리간드-단백질 복합체를 Desmond 패키지를 사용하여 MD 시뮬레이션에 적용했습니다. 복합체는 용질과 시뮬레이션 박스 가장자리 사이의 최소 완충 거리가 10 Å인 직교정계 시뮬레이션 박스에 삽입되었습니다. 시스템은 TIP3P 물 분자로 용매화되었고, Na + /Cl- 이온 을 첨가하여 시스템을 중화하고 생리 식염수 조건을 모방한 0.15 M 이온 강도를 시뮬레이션했습니다. 블랙티비 블랙티비 블랙티비 블랙티비 야구중계 토토갤 토토솔루션 리얼돌 스포츠중계사이트제작 스포츠중계 스포츠중계 스포츠중계 카드현금화 주식실시간디비 주식실시간DB 상남동베트남노래방 청주노래궁 어느날토토 마니라클락에이전시 창원베트남노래방 포항출장마사지 포항출장마사지 인계동 스웨디시 인계동 스웨디시 인계동 스웨디시 인계동 스웨디시 천안다국적노래방 영덕대게 맛집 급전 소액급전 강남 하이퍼블릭 강남 하퍼 서면가라오케 스포츠중계제작 스포츠중계api 스포츠중계솔루션 스포츠중계api 스포츠중계 커뮤니티 제작 스포츠중계api